医療機関がワクチン接種事業にかかる委託料を受領した場合は、消費税の課税対象となります。

 

消費税は原則として基準期間における課税売上高（消費税の課税対象となる取引の売上高）が
1,000万円を超える場合に、納税の義務があります。
（※）基準期間とは、原則として、個人事業者の場合は前々年、法人の場合は前々事業年度をいいます。
（※）例外もありますので、詳しくはお問い合わせください。

 

社会保険、国民健康保険などの医療収入について、消費税は非課税とされています。
自由診療による収入は原則的に課税対象となりますが、
自由診療やその他の課税売上高をあわせて1,000万円を超えない場合は消費税の納税義務はありません。

 

しかし、ワクチン接種事業の委託料は消費税の課税対象となりますので、
自由診療収入などとあわせて1,000万円を超える場合には、
原則として翌々期（個人事業主は2年後）に消費税の納税義務が発生するため、注意が必要です。

 

課税事業者となる事業者の方には、事前にご連絡させていただきます。
また、簡易課税制度の適用もあわせて検討いたします。

 

不明点などありましたら、お気軽にご連絡ください。

 

出典：国税庁ホームページ　新型コロナウイルス感染症に関連する税務上の取扱い